ومن الآثار الجانبية، التي تظهر بسبب حساسية من هذه الجذور أو الإكثار منها حرقة المعدة وانتفاخات البطن والإسهال، كما يمكن أن يؤدي تناول الزنجبيل بكثرة إلى تهيج الفم، بالإضافة إلى بعض الخصائص التي تزيد من سيولة الدم، وهو ما يجب على النساء مراعاته أثناء فترات الحيض.
ونظراً لأن الزنجبيل يزيد من إنتاج الجسم للصفراء، فإنه يتعين على الأشخاص الذين يعانون من حصوات المرارة الحذر من الإكثار منه، وعلى الرغم من تأثيره المفيد للحوامل، إلا أنه يجب أن يتم تناوله إشراف الطبيب.